海北州有蕨类植物5科，6属，6种；裸子植物3科，6属，10种；被子植物72科，295属，688种。共计80科，307属，704科。

 全州野生药用植物种类多，经济价值较高，可采集利用的有烈香杜鹃、头花杜鹃、杜鹃、冬虫草、裂叶羌活、宽叶羌活、水母雪莲花、贤叶唐松草、川滇柴胡、三辐柴胡、长伞红柴胡、匙叶小檗、升麻、箭叶囊吾、细叶沙参、黄花铁线莲、华桷蕨、金翼黄芪、红花岩黄芪、青海黄芪、秦艽、绿花党参、大株红景天、唐古特青兰、铁棒槌、毛实芍药、细叶百合、萼果香蒂、小大黄、冬葵、大药、麻黄、曲枝天门冬、花锚、蒲公英、平车前、硬毛葶苈、喜山葶苈、马勃、雪莲、青海党归、仙鹤草、老观草、刺五加等400余种。主要分布在门源、祁连山区、海晏、刚察草原及青海湖畔。

 全州食用野菜有野葱、野蒜、野韭菜、苦苦菜、马缨菜、猪耳朵、娘子菜、野胡萝卜、蕨菜等；野果有草莓、地瓢、野樱桃、马奶头、羊奶头、野葡萄、酸瓶儿、石枣儿、三棘沙棘等，主要分布于门源、祁连林区。野生食用菌类有黄蘑菇、白蘑菇、香菇、发菜、地衣、柳花菜等。